在实际的旅游开发中，生态旅游很容易和生态休闲相混淆。事实上，生态旅游是一种小众高端旅游模式；生态休闲则是一种大众多层级、多元化的旅游类别。应该在项目开发前期就弄清楚它们之间的关系，到底是做生态休闲，还是做生态旅游。
1、目的不同
生态旅游包含两个要点，其一是生态旅游的对象是自然景物，如特定的动物、植物、群落以及整个生态环境；其二是生态旅游的对象不应受到损害。其核心是“生态”。对生态旅游开发机构来说，盈利与其说是一种目的，不如说是更好实现生态对象保护的一种可持续性发展手段；对游客来说，生态旅游的科普性、教育性要高于对舒适度和风光的要求；对当地居民来说，生态旅游带来的文化层次的提升和收入的增加，能够更多地调动其自发地、更科学地参与到生态保护中来。
而相对而言，生态休闲更多是在生态环境下、生态背景中的休闲活动，虽然兼顾生态空间的发展，但其核心在于“休闲”而非生态上。对于生态休闲开发机构来说，生态更像是一种手段，而盈利才是其根本目的；对于游客来说，生态休闲追求是一种自由、舒适、天人合一的意境和生活方式，其文化性和品位性的要求较为强烈；生态休闲项目对当地居民在文化上和经济上也有一定的带动作用，但不完全立足于生态保护。
2、要求不同
生态保护的第一性，生态旅游具有很强的专业性，无论是对从业者、游客、当地居民，还是管理部门，都需要科学系统的教育和培训，并处理好两方面关系--生态旅游区内部生态保护与传统文化、旅游开发、经济效益等的关系；生态保护、生态旅游开发与当地政府、居民致富的关系。考虑到生态环境的承载量，生态旅游区往往通过高价来限制游客的数量，难免会偏向高端和小众。
相对来说，生态休闲更具大众化和多元化，而且带有很强的市场导向性--迎合都市居民回归自然的梦想，以及由此产生的巨大市场空间而产生，生态休闲更强调服务、满足游客需要而非科学教育。比如在生态花卉基地，游客完全可以采摘、购买或制作鲜花以及鲜花制品，而在生态旅游中，这种行为是严格禁止的。
3、管理机制不同
生态旅游在国际上已经成为一种较为成熟的旅游模式，国内的生态旅游虽然起步较晚，但也日趋成熟，形成了一些关于管理体制、资源开发、环境教育与居民权益保护等方面较为系统的经验。在对生态旅游的管理上，基本原则是立法保护、严格执法，即严格遵照国家《环境保护法》、《海洋保护法》以及相关的环境法律法规，并针对旅游对环境影响有潜在性、持续性、累计性的特点，增加补充规定，如环保税等。同时，明确规定生态旅游的经营范围、开发规模和次序、接待人数、开放季节，并对其经营思路和方式作一定的限定。违法侵害自然资源者，无论是经营者、开发商还是游客，都要承担相应的民事和刑事责任。
而生态休闲本质上是休闲旅游项目，其管理相对生态旅游来说要宽松得多。在两者概念模糊的情况下，很多生态休闲的项目是披着生态旅游的外衣出现在政府、游客和专家学者的面前，但又达不到生态旅游的高度，反而增加很多误解和负面的影响。
当然，生态旅游和生态休闲并不是完全对立的，两者之间也有很多的共通点，可相互呼应，共同协调发展，甚至在一定条件下可以相互转换。
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