对生态旅游的过度开发是处理旅游业经济效益于资源保护关系时经常出现的问题。要使生态旅游规划设计真正符合生态旅游的目标，实现旅游业的可持续发展，应遵循以下原则：
（1）协调与可持续发展原则,生态旅游规划应该在可持续发展思想的指导下，协调好生态旅游业与该地区其他产业的关系，以及生态旅游业内部各个子系统之间的关系，协调好生态旅游建设项目和服务设施与生态旅游资源的关系。
（2）保护优先与稳步发展的原则，生态旅游开发必须以保护为前提，这是生态旅游区别于大众旅游的核心所在。生态旅游资源的保护与生态旅游的发展相辅相成，要遵循保护优先，稳步发展的原则。
（3）生态与文化真实性的原则，生态旅游规划设计要尽量保持生态旅游资源的原始性和真实性。不仅要保护自然的原始韵味，而且要注意对当地传统文化的传承与保护，避免旅游带来的文化冲突和文化污染。在生态旅游项目和产品规划设计上应该体现原汁原味，避免与生态旅游方向不一致的旅游活动，要尽量减少人造景观，对于必要的设施和景观建设必须做到与环境相和谐。
（4）多方参与和利益共享原则，在生态旅游规划设计过程中，普遍征求利益相关者的意见，使他们真正参与到规划中来，并接受他们的合理建议。只有实现多方参与和利益共享才能使生态旅游灾在取得良好经济效益和社会效益的同时获得各方满意的经济效益。
（5）资源节约与清洁生产原则，节约资源是实现资源保护的有效途径之一，在生态旅游项目与相关设施的规划设计上，尽可能实现“最小化”原则，能源和材料消耗、投资和服务设施建设都体现资源节约和再循环的原则，以求对资源和环境的破坏降到最低程度，尽可能的多使用清洁能源，充分利用高科技手段有效保护旅游区生态环境，实现资源节约与清洁生产。
（6）环境教育与科学教育原则，科学教育与环境教育二者相辅相成，共同发挥着通过生态旅游活动提高全民族科学素养和生态环境保护意识的重任，以实现保护生态旅游资源及其依托的环境十分重要。
