1、生态旅游策划的同质化问题。产生的根源在于行政体制下，每个省都有一个旅游规划院，由于缺少资金等原因的影响，多数旅游规划人员没有更深入的学习和去国外考察研究，闭门造车，互相抄袭，迎合领导意志造成的。

2、生态旅游策划过程中的行政干预导致生态旅游策划无法实施科学决策能力。主要的原因是，个别地方主要负责人热衷于名利思想，在急功近利思想指导下，荒唐做出决定，外行领导内行，还干涉了内行。

3、生态旅游策划的整体管理水平低下。中国旅游市场起步较晚，相对比较脆弱，培训与旅游教育无法跟上国际水平，当地居民的意识也没有快速转变。

4、生态旅游策划与推广能力有限。在策划与推广上，除资金以及行政干预外，中国策划、咨询业虽然正在快速追赶国外先进水平，但是在职业道德和职业素质上仍然缺失，受经济利益驱使，没有完全投入到学术的研究和概念的推广之中。

5、生态旅游区建设后，社区生活水平下降，民众日益贫困；

6、生态旅游策划工程中为防止过度破坏自然生态平衡而停止开发；

7、生态旅游策划脱离实际，或者缺少资金预算，导致缺乏资金，生态旅游开发虎头蛇尾；

8、生态旅游策划中的保障体系缺失，导致传统文化逐步消失，慢慢失去本来特征；